Fue fundada como compañía privilegiada por el rey Carlos II en 1670 otorgándosele el monopolio del comercio sobre la región bañada por los ríos y arroyos que desembocan en la bahía de Hudson en el norte de América del Norte. El área fue llamada Tierra de Rupert en reconocimiento del príncipe Rupert del Rin, el primer gobernador de la Compañía nombrado por el rey. Esa región cuyos límites exactos se desconocían entonces, comprendía 3 900 000 km², más de un tercio del área de la actual Canadá, y se extendía hasta el centro-norte de los actuales Estados Unidos.
La Compañía ejerció el monopolio durante varios siglos, participando en la exploración de gran parte del norte de América del Norte, una región que de facto gobernó sobre lo que corresponde actualmente a las provincias canadienses de Alberta, Manitoba, Saskatchewan, Nunavut y los Territorios del Noroeste (así como el norte de la provincia de Ontario). Con el declive del comercio de pieles, la Compañía vendió la Tierra de Rupert en los años 1800 a Canadá en lo que resultó ser finalmente la mayor compra de tierras. La Compañía pasó entonces a ser suministradora de bienes y víveres a los colonos del oeste de Canadá.
Actualmente, la Compañía es una corporación que administra una de las mayores redes comerciales del país, con tiendas por todo el país, que venden una gran variedad de productos. Los ingresos estimados de la Compañía en 2009 fueron de 7 billones de dólares canadienses. La sede de la Compañía se encuentra en Toronto, Ontario.
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